Фаза HD-C18 лучше всего подходит для разделения сильно гидрофобных небольших молекул с малыми структурными различиями, например изомеров. Плотность цепей C18 на поверхности органосиликатных гибридных частиц выше, чем у Scepter C18. В результате молекулы, которые могут поместиться между цепями C18 благодаря своему размеру, испытывают больше взаимодействий, чем молекулы, чья молекулярная структура не позволяет им поместиться или помещается лишь частично. Это позволяет легче разделять молекулы с малыми структурными различиями.