Фаза HD-C18 лучше всего подходит для разделения сильно гидрофобных малых молекул с небольшими структурными различиями, например изомеров. Плотность цепей C18 на поверхности органосиликатных гибридных частиц выше по сравнению с Scepter HD-C18. В результате молекулы, которые могут проникать между цепями C18 благодаря своему размеру, испытывают больше взаимодействий, чем молекулы, чья молекулярная структура не позволяет им проникать между ними или позволяет лишь частично. Таким образом, молекулы с небольшими структурными различиями могут быть разделены лучше.