Фаза HD-C18 лучше всего подходит для разделения сильно гидрофобных малых молекул с небольшими структурными различиями, например изомеров. Плотность цепей C18 на поверхности органосиликатных гибридных частиц выше, чем у Scepter C18. В результате молекулы, которые по размеру могут поместиться между цепями C18, испытывают больше взаимодействий, чем молекулы, чья молекулярная структура не позволяет им поместиться или помещается лишь частично. Это позволяет легче разделять молекулы с небольшими структурными различиями.