ТСХ-МС - это комбинация ТСХ с масс-спектрометрией открывает новые перспективы для обоих методов. Известно, что не все вещества можно анализировать на оборудовании ВЭЖХ-МС или ВЭЖХ-DAD вследствие влияния матриц пробы, несовместимости растворителей с МС или отсутствия хромофоров (для DAD детекции). С другой стороны, ВЭТСХ может применяться для быстрого разделения и очистки образцов и удобен для массового скриннинга.
Ранее пятно пробы приходилось соскабливать с ТСХ пластины, элюировать на фильтре и только затем анализировать в МС. Наличие ТСХ-МС Интерфейса позволяет экстрагировать пятна полуавтоматически и анализировать либо в ВЭЖХ-МС, либо в других системах: APCI-MS, APPI-MS или EI-MS.